Les eaux souterraines constituent une ressource stratégique pour l'alimentation en eau potable et les écosystèmes aquatiques, mais elles sont soumises à une contamination croissante par les micropolluants. Face à la diversité des substances chimiques en présence (PFAS, pesticides, résidus pharmaceutiques, contaminants émergents et produits de transformations associés) un premier enjeu majeur est d’identifier les molécules d’intérêt pour les eaux souterraines selon leur occurrence, leur persistance ou leur (eco)toxicité. La multiplicité des molécules et leurs propriétés requièrent d’autre part des stratégies analytiques de plus en plus complexes. Des exemples couvrant les principales familles d’intérêt dont des projets déployés à l’échelle du territoire seront présentés.